まずスキャナで絵を取り込みます。
(カラーの方が良いでしょう)
ここで『ゴミ取り』をしておきます。
『ゴミ取り』とは、取り込んだ時に見える汚れや消し残しを取り除くことです。
消しゴムツールなどで消しましょう。
線と背景がくっついているので、このまま色を塗ると線画が消えてしまいます。
そこでそれを解消する『抜き取り』を伝授しましょう。 それでは、線を取り除く『抜き取り』作業をやっていきます
イメージメニューの色調補正の階調の反転(Ctrl+I)で色を反転して全選択(Ctrl+A)コピー(Ctrl+C or X)
チャンネルに新規レイヤーを作成しそこにペースト(Ctrl+V)
レイヤーに戻り新規レイヤーを作成しておきます。
作成したら選択範囲メニューから選択範囲読み込みをクリック、
チャンネルが「レイヤー/透明部分」になってるので「アルファチャンネル1」に変えてOKをクリックします。
線画が上手く読み込みできましたら黒で塗りつぶします。

描画色が黒の場合は、Alt+delete
背景色が黒の場合は、Ctrl+delete
選択範囲を解除する場合は、Ctrl+D
これでレイヤーが二枚(線と取り込んだ絵)できました。